V období transformace vlastnických vztahů v ČR zastupoval Miroslav Kalousek vládu ČR v několika řídících funkcích v hospodářské sféře: v letech 1991–1992 byl členem dozorčí rady Jihočeských pivovarů, v letech 1992–1994 působil jako člen správní rady a jednatel Západočeských pivovarů. V roce oku 1994 byl zvolen do funkce člena prezídia Pozemkového fondu ČR, kterým byl do roku 1996. V letech 1993–1998 zastával post náměstka ministra obrany ČR, staral se o finanční řízení resortu, armádní restrukturalizace i řízení armádních zakázek.




V roce 1993, kdy se Kalousek stal ekonomickým náměstkem na Ministerstvu obrany ČR, si Armáda ČR objednala od ministerstva padáky pro dopravu skupin hloubkového průzkumu a seskoků. Ze dvou firem ve výběrovém řízení vyhrála firma Anex-Cirus Jiřího Andrlíka, která měla dodat padáky s názvem VTP-100. Průběh zkoušek dodaných prototypů nebyl zveřejněn. Na některé členy zkušební komise měl být vyvíjen nátlak, aby svá stanoviska ke zkouškám odvolali a padák doporučili. Armáda s touto firmou podepsala smlouvu na 2310 kusů i přesto, že společnost ještě právně neexistovala a nikdy žádné padáky nevyráběla. Smlouva také byla napsaná tak nevýhodně, že ji nelze vypovědět. Kalousek nákup padáků armádě i tak doporučil. Odborníci Paraclubu tvrdí, že VTP-100 měl příliš funkcí, jež si vzájemně odporovaly. Přesto byla padáková souprava VTP-100 v roce 1996 zavedena do výzbroje Armády České republiky. V roce 1997 došlo ke smrtelné nehodě na VTP-100, při které zahynul vojín Roman Prinich. Soud nakonec nařídil ministerstvu odebrat dalších 300 padáků. Celkových 730 padáků za 110 milionů Kč již poté nikdy nebylo použito a v roce 2011 jim skončila životnost.




Plánovaná modernizace 353 tanků T-72 v hodnotě 13 miliard Kč, které už byly určeny k vyřazení, vyvolala kontroverzi, jelikož skupina expertů a výzkumníků se jednoznačně shodli na francouzské společnosti Sagem. Kalouskem jmenovaná ministerská komise se také shodla na společnosti Sagem, ihned poté byli dva porotci vyměněni za jiné, ovšem i v hlasováním na tvrdo zvítězila opět společnost Sagem. Toto hlasování bylo prohlášeno za předběžné a o týden později zvítězila zcela nečekaně italská společnost Officine Galileo, která v posudcích skončila až na posledním pátém místě. Tyto skutečnosti přiměly vládu odebrat Ministerstvu obrany možnost rozhodovat o strategicky významných zakázkách. Po modernizaci přetrvávaly problémy s řízením palby. M. Kalousek se snažil prosadit usnesení, které by znesnadnilo porovnávací zkoušky modernizovaných tanků. Modernizace nakonec stála 4 miliardy Kč a modernizováno bylo jen 30 strojů.




Pochybností vyvolala také zakázka na štátní informační systém. Výběrový konkurz vyhrála firma Unisys, ale Kalousek konkurz zrušil. Při druhém řízení zvítězila opět Unisys, i přesto Kalousek označil společnost EDS za výhodnější a dostala zakázku. Představitelé Unisys byli údajně zastrašováni a kontaktovali policii, pracovník EDS Jan Březovský v roce 1998 prohlásil, že EDS byla nucena dát Kalouskovým lidovcům provizi 50 miliónů Kč. Kontrakt v ceně zhruba jedné miliardy korun byl dokončen v roce 2002, ovšem i tak systém stále nenaplňoval požadavky.